Pero fue después del cerco a la ciudad, liderado por el caudillo Túpac Katari, que los paceños recién empezaron a cultivar las semillas de la emancipación.
Así, los patricios unieron fuerzas con mestizos e indígenas para organizar el levantamiento revolucionario del 16 de julio, durante la procesión de la Virgen del Carmen.
Los criollos convocaron a cabildo abierto y organizaron la Junta Tuitiva y fue un mestizo el que encabezó el movimiento: don Pedro Domingo Murillo.
Los aires de libertad se respiraron hondo en 1809. La independencia de Estados Unidos y la Revolución Francesa depositaron en el pensamiento mundial la semilla de la insurrección.
Las colonias españolas, que habían vivido durante tanto tiempo a la sombra del Rey, ahora veían la oportunidad de trazar sus propios caminos luego de que Napoleón invadiera la Madre Patria en 1808.
A fines del mes de mayo, los ibéricos se organizaron en juntas provinciales para resistir al invasor francés, logrando que para septiembre del mismo año, una Junta Central invocara el nombre del Rey y solicitara la unidad de España con los dominios americanos.
Para el Nuevo Mundo estos hechos eran una clara señal de la crisis de legitimidad política y de poder que atravesaban los españoles en las colonias. Las tierras que se habían regido con los designios del Rey, de pronto ya no tenían a quién obedecer. Y fueron los criollos, la clase que pugnaba para tomar el poder político de la región, los que tomaron el control de los acontecimientos.
Los criollos o patricios, hijos de españoles nacidos en tierras americanas, vivían a la sombra de los peninsulares. Pese a haber conseguido poder político, económico y militar, un criollo debía someterse siempre a los mandatos de un español, que aunque se tratase de un recién llegado, tenía el derecho pleno de ocupar los cargos importantes. Y es que para la Corona el linaje tenía más importancia que cualquier otro mérito. Para acceder a cualquier puesto, el postulante debía presentar primero una limpieza de sangre, en que se probara, con un gran número de documentos, la calidad de su casta y estirpe.
Estos sentimientos encontrados se vivieron también en el departamento de La Paz, donde se gestó la reivindicación patricia. La rebelión de Túpac Katari que cercó la ciudad en 1781, a pesar de no obtener éxito y ser aplacada por españoles y criollos peleando juntos en un solo frente, sacó a la luz las profundas contradicciones políticas, sociales y económicas que en ese entonces vivía la sociedad colonial. Encendida esa mecha, en La Paz empezó a germinar el pensamiento libertario de nuevo, pero esta vez partía de los criollos.
El 25 de mayo de 1809 se dio el primer paso, con un acto de profundo contenido político que la historia recuerda como el Primer Grito Libertario, en Chuquisaca, donde los insurgentes lograron deponer al Presidente de la Audiencia de Charcas, encendiendo el interés de los paceños que empezaron a reunirse clandestinamente con tintes revolucionarios.
Este movimiento se armó con tal rapidez que para la llegada de los emisarios chuquisaqueños ya se estaban dando los últimos toques a una sublevación cuidadosamente planificada. El plan consistía en iniciar la revuelta durante la tarde del 16 de julio de 1809, aprovechando que toda la atención estaba depositada en la fiesta de la Virgen del Carmen.
Mientras se realizaba la procesión de la patrona castrense, a eso de las 19.00 los revolucionarios tomaron el cuartel de Veteranos, donde pidieron Cabildo Abierto y depusieron al gobernador Tadeo Dávila, al obispo Remigio de la Santa y Ortega. Los realistas no se enteraron de la revuelta hasta el día siguiente, pese a que el intendente interino, Tadeo Dávila, ya sabía con antelación de los planes revolucionarios, pero prefirió ignorar las denuncias hechas por vecinos sobre las sospechosas juntas.
Cuando los insurrectos tomaron el control, organizaron la Junta Tuitiva. El 22 de julio se le ordenó al mestizo Pedro Domingo Murillo que desempeñe el cargo de Coronel Comandante de la ciudad. Las reuniones lograron crear un gran tumulto que incluyó en sus filas no sólo a criollos, sino a mestizos e indígenas que se unieron como fuerza de choque en la movilización.
A raíz de la creación de la Junta Tuitiva, circularon varias proclamas: mientras una aclaraba la lealtad de Murillo al movimiento, otra explicaba a los potosinos los motivos que impulsaron a las acciones del 16 de julio. El 27 de julio, la Junta lanzó la proclama más conocida que en su texto declaraba la independencia de las colonias, siendo enviada a las principales ciudades en espera de su pronunciamiento y adhesión a la causa.
Ante el peligro de la aproximación de tropas realistas al mando de Goyeneche, quien pese a las sospechas de ser partidario carlotista fue llamado para sofocar la insurrección, los revolucionarios se alistaron para la defensa marchando hasta Chacaltaya en espera del enemigo. Mientras eso sucedía, se produjo una contrarrevolución encabezada por Pedro Indaburo, quien apresó a Murillo acusándolo de traición. Calmados los ánimos, Indaburo fue ajusticiado por Antonio de Castro.
Poco después, llegaron las fuerzas de Goyeneche a la ciudad, lo que obligó a los patriotas al repliegue de sus fuerzas hasta los Yungas, donde entre octubre y noviembre de 1809 fueron derrotados en los combates de Irupana y Chicaloma, donde perecieron Victorio García Lanza y Antonio de Castro. Murillo consiguió huir, pero fue apresado los primeros días de diciembre en Zongo. Así, los cabecillas restantes cayeron poco a poco.
Algunos patriotas fueron condenados a prisión perpetua en las Malvinas y Filipinas luego de la confiscación de sus bienes, mientras que el 29 de enero de 1810 se cumplió la sentencia de muerte para nueve protomártires de la independencia: Juan Antonio Figueroa, Basilio Catacora, Apolinar Jaén, Buenaventura Bueno, Juan Bautista Sagárnaga, Melchor Jiménez, Mariano Graneros, Gregorio García Lanza y Pedro Domingo Murillo, quien pasó a la historia como autor de la célebre frase: "La tea que dejo encendida, nadie la podrá apagar, viva la libertad."
